http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/ff454024.aspxASP.NET アプリケーションの IIS 7 統合モードへの移行を参照。方法が紹介されています。アプリケーション側も変更しないとなりません。
APS.NETのアプリケーションによるかと思いますが、 web.config の編集で完了する場合もあるようです。
以下抜粋:
IIS 7 の既定では、ASP.NET は新しい統合モードで動作するように構成されます。これは、最小の変更で統合モードの強化点をアプリケーションで活用できるようにするためです。
構成の統合の結果、一部のアプリケーションでは統合モードで適切に動作させるために移行作業が必要になることがあります。既定では、移行の支援がサーバーから提供されます。サーバーは、移行が必要なアプリケーションを検出し、アプリケーションの移行を要求するエラー メッセージを返します。
以下の構成で、移行エラーが発生します。
アプリケーションの web.config ファイルで <httpModules> 構成が定義されている。
このアプリケーションは、新しい ASP.NET モジュールを読み込むか、既存のモジュールを削除します。
統合モードでは、ASP.NET モジュールは、統合された <system.webServer>/<modules> 構成セクションに、ネイティブ モジュールと一緒に指定されます。
<system.web>/<httpModules> 構成セクションに指定された ASP.NET モジュールを有効にするには、この新しい構成セクションに移動する必要があります。その後、新しい ASP.NET モジュールを <modules> セクションに直接追加する必要があります。アプリケーションの web.config ファイルで <httpHandlers> 構成が定義されている。
このアプリケーションでは、いくつかのコンテンツ タイプでカスタム ハンドラー マッピングが使用されます。
統合モードで ASP.NET ハンドラー マッピングを有効にするには、統合された <system.webServer>/<handlers> 構成セクションに指定する必要があります。その後、新しい ASP.NET ハンドラー マッピングを統合された <handlers> セクションに直接追加する必要があります。
このセクションは、ASP.NET の <httpHandlers> 構成および IIS 7 スクリプトマップ構成の両方の代わりとなるものです。以前は、ASP.NET ハンドラー マッピングをセットアップするために、両方を構成する必要がありました。アプリケーションの web.config ファイルで <identity impersonate="true" /> 構成が定義されている。
このアプリケーションは、クライアント資格情報を偽装します (イントラネット アプリケーションでよく使用されます)。統合モードでは、クライアント偽装は要求処理の初期のいくつかの段階で利用できません。ほとんどの場合、これは問題とならないのでエラーを止めることができます。問題となる場合は、このアプリケーションがクラシック ASP.NET モードで実行されるように構成する必要があります。このエラーが生成された場合、アプリケーション構成を移行する (上記 1 番および 2 番の場合に推奨) か、アプリケーションでクラシック ASP.NET モードを使用するように変更 (上記 3 番の場合) します。

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